İstinye Üniversitesi (İSÜ), Balkan Üniversiteler Birliği’nin (BUA) üyesi oldu. Bölge üniversitelerini bir araya getirmek amacıyla kurulan Balkan Üniversiteler Birliği, toplumsal sorunlara çözüm üretiyor ve üniversiteler arasında iş birlikleri kurulmasına olanak sağlıyor. İmzalanan protokol ile, İstinye Üniversitesi de Balkan Üniversiteler Birliği’nde yer alıyor.
 
Balkan bölgesinde yer alan üniversiteler, kütüphaneler, araştırma merkezleri aracılığıyla ortak küresel değerler temelinde, çağın gereklerini göz önünde bulundurarak geleceğe yön veren bir vizyon belirlemeyi temel amaç haline getirmiş Balkan Üniversiteler Birliği, dil, kültür, sanat, tarih, ekonomi, eğitim ve spor alanlarında bilimsel bir ağ oluşturma ve bu alanlarda ortak bilimsel çalışmalar yapmayı da hedefliyor. Ayrıca akademik personel ve öğrenciler için değişim programları düzenlemek, karşılıklı akreditasyon sürecini yürütmek, ortak diploma programları ve Balkan dillerinde eğitim düzenlemek, akademisyenler arasında bilgi alışverişini sağlayacak bir iletişim ağı oluşturmak da birliğin amaçlarından.